La antigua Iglesia se encontraba ubicada en la actual plaza San Juan, junto al Palacio del arcediano de la tabla. Fue derribada el 24 de junio de 1951.

Tanto el retablo principal que estaba dedicado a San Juan Bautista y el retablo dedicado a San Blas, se encuentran en la capilla del Museo de Navarra. El retablo principal se realizó por el entallador francés Esteban de Obray y el pintor pamplonés Juan del Bosque.

El 24 de junio de 1952, coincidiendo con la festividad de San Juan Bautista, se colocó la primera piedra del nuevo templo construido en la actual Plaza de la Iglesia. En ese momento el párroco era Don Basilio Armendáriz y el alcalde del Concejo Don Pedro Satesteban. La inauguración tuvo lugar el domingo 17 de octubre de 1954. El nuevo templo fue proyecto del arquitecto Javier Yárnoz.

Es un edificio de planta latina y construcción moderna, del que lo más destacable es el mobiliario que decora su interior y que procede de diferentes puntos de Navarra. El actual retablo mayor que preside el templo es de estilo neoclásico y procede de la catedral de Pamplona, en donde estaba dedicado a San Blas.